Não. Em municípios que utilizam o ISS Net Online, o sistema solicita o RPS automaticamente usando as credenciais ISS cadastradas na empresa — você não precisa acessar o painel da prefeitura.
Se as credenciais estiverem incorretas, pode aparecer o erro "Não há RPS disponível". Nesse caso, verifique se as credenciais ISS informadas no cadastro da empresa estão corretas e atualizadas.